Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam (PAI) Universitas Sains Al-Qur'an (UNSIQ) Wonosobo didirikan sebagai respon terhadap kebutuhan masyarakat akan tenaga pendidik, peneliti, dan pengembang pendidikan Islam yang profesional dan berkualitas. Sejak berdirinya, program ini berkomitmen untuk mencetak lulusan yang mampu memadukan antara nilai-nilai keislaman dan keilmuan modern dalam dunia pendidikan.